Tuyên Vũ Đế ban đầu muốn lập Nguyên Hiệp làm đại tướng quân do ông là người được ái mộ và coi trọng, song vì Nguyên Hiệp đã từ chối nên Tuyên Vũ Đế phong cho hoàng thúc làm thứ sử Định Châu. Các việc triều chính phần lớn nằm trong tay của sáu đại thần: các em trai Hiếu Văn Đế là Hàm Dương vương Nguyên Hi (元禧) và Bắc Hải vương Nguyên Tường (元詳), đường đệ của Hiếu Văn Đế là Nhâm Thành vương Nguyên Nguyên Trừng (元澄), và thúc thúc đằng xa của Hiếu Văn Đế là Quảng Dương vương Nguyên Gia (元嘉), và hai đại thần Vương Túc (王肅) cùng Tống Biền (宋弁), mặc dù Nguyên Trừng ngay sau đó đã bị đẩy khỏi vị trí của mình do ông đã bắt giữ một cách sai trái đối với Vương Túc vì nghi ngờ người này phản nghịch. Năm 500, Tuyên Vũ Đế triệu Nguyên Hiệp về kinh làm đại tướng quân.

Khi trở về Lạc Dương, Tuyên Vũ Đế đã truy tôn cho Cao quý nhân là hoàng hậu, và phong tước công cho hai cữu phụ là Cao Triệu (高肇) và Cao Hiển (高顯), cũng như cho biểu huynh đệ Cao Mãnh (高猛), mặc dù ông chưa từng gặp họ trước đó. Đặc biệt, Cao Triệu đã ngày càng trở nên mạnh mẽ trong suốt thời gian cai trị của Tuyên Vũ Đế.

Năm 500, Nam Tề xảy ra xáo trộn do sự cai trị bạo tàn của Tiêu Bảo Quyển, Bắc Ngụy đã nhân cơ hội này thôn tính trọng thành Thọ Dương (壽陽, nay thuộc Lục An, An Huy) khi tướng Bùi Thúc Nghiệp (裴叔業) của Nam Tề đầu hàng trước Bắc Ngụy do lo sợ Tiêu Bảo Quyển. Tuy nhiên, Bắc Ngụy đã không thể hành động thêm nữa khi Nam Tề sau đó lại lâm vào nội chiến với cuộc nổi loạn của các tướng Thôi Huệ Cảnh (崔慧景) và Tiêu Diễn.

Năm 501, tướng Vu Liệt (于烈) và Nguyên Tường đã cảnh báo Tuyên Vũ Đế rằng Nguyên Hi ngày càng tham nhũng và Nguyên Hiệp thì ngày càng được nhiều người tôn kính, và đề xuất rằng nên bãi miễn chức vụ của họ. Tuyên Vũ Đế đã nghe theo, và chính thức đích thân nắm quyền xử lý việc triều chính, song do còn nhỏ tuổi, ông đã không thể tự mình cai quản một cách thích đáng, vì thế các hầu cận mà ông tin tưởng và Cao Triệu bắt đầu trở nên có nhiều quyền lực và tham nhũng hơn. Các sử gia xưa thường coi đây là điểm Bắc Ngụy bắt đầu suy sụp. Cuối năm 501, Nguyên Hi không hài lòng về việc bị tước đoạt quyền lực và lo sợ rằng mình sẽ bị giết, vì thế ông ta đã âm mưu tiến hành một cuộc nổi loạn ly khai với các châu ở phía nam Hoàng Hà. Tuy nhiên, âm mưu của Nguyên Hi đã bị phát giác và ông đã bị xử tử. Từ thời điểm này trở đi, Tuyên Vũ Đế ngày càng trở nên đa nghi đối với các thành viên trong hoàng tộc.

Cũng trong năm 501, Tuyên Vũ Đế lập chất nữ của Vu Liệt, Vu quý nhân, làm hoàng hậu.

Vẫn trong năm 501, ở miền Nam Trung Quốc, quân của Tiêu Diễn triệt hạ được quân của Tiêu Bảo Quyển, tướng Nguyên Anh (元英) của Hiếu Vũ Đế nhân cơ hội này đề xuất Bắc Ngụy mở một chiến dịch lớn chống lại Nam Tề đang trong nội chiến. Tuy nhiên, Tuyên Vũ Đế chỉ cho phép tiến hành các cuộc tấn công quy mô nhỏ và thường không có kết quả. Tiêu Diễn ngay sau đó đã đánh bại được Tiêu Bảo Quyển và đến năm 502 thì lật đổ triều Nam Tề để thành lập triều Lương và lên ngôi Vũ Đế. Tướng Trần Bá Chí (陳伯之) của Lương sau đó đã cố gắng dâng Giang Châu (江州, nay thuộc Giang Tây và Phúc Kiến) cho Bắc Ngụy, song quân Lương đã đánh bại cả Trần và quân Bắc Ngụy được phái đến để tăng viện. Tuy nhiên, trong các năm sau đó, hai bên liên tục xảy ra chiến tranh. Bắc Ngụy đã phong tước hiệu Tề vương cho một hoàng tử của Nam Tề là Tiêu Bảo Dần, là người đã chạy thoát khỏi Nam Tề khi Tiêu Diễn bắt đầu sát hại các thành viên hoàng tộc Nam Tề, và thông báo rằng sẽ giúp Tề vương tái lập Nam Tề.

Năm 504, Nguyên Tường (người đã có được vị trí của Nguyên Hi) đã bị Cao Triệu cáo buộc phạm tội tham ô. Nguyên Tường bị giáng làm thường dân, và chết ngay sau đó. Theo đề xuất của Cao Triệu và bất chấp phản đối của Nguyên Hiệp, Tuyên Vũ Đế đã đặt các thân vương dưới sự canh gác nghiêm ngặt, trên thực tế là quản thúc tại gia đối với họ.

Trong khi đó, các cuộc chiến tranh với Lương vẫn tiếp tục, và trong khi cả hai bên đều được và mất, Bắc Ngụy đã có được thành quả đáng kể vào năm 505 khi tướng Hạ Hầu Đạo Thiên (夏侯道遷) của Lương dâng thành Nam Trịnh (南鄭, nay thuộc Hán Trung, Thiểm Tây) cùng các vùng xung quanh cho Bắc Ngụy. Đến mùa xuân năm 506, Bắc Ngụy tiếp tục sáp nhập nhà nước bán độc lập Cừu Trì. Mùa đông năm 505, Lương mở một chiến dịch phản công lớn tại vùng biên giới phía đông, do em trai Lương Vũ Đế là Lâm Xuyên vương Tiêu Hoành (蕭宏) chỉ huy. Tuy nhiên, Tiêu Hoành là một tướng bất tài, ông ta ở trong trạng thái bị dạ kinh vào mùa hè năm 506, khi đang ở Lạc Khẩu (洛口, nay thuộc Bạng Phụ, An Huy), quân Lương đã tự sụp đổ trong khi không giao chiến với quân Bắc Ngụy. Nguyên Anh và Tiêu Bảo Dần sau đó đã tấn công thành trì Chung Li (鍾離, nay thuộc Trừ Châu, An Huy) của Lương, song đã bị tướng Vi Duệ (韋叡) đè bẹp vào mùa xuân năm 507. Hai nước sau thời điểm này phần lớn đã chấm dứt các hành động quân sự chống lại nhau.

Vào mùa đông năm 507, Vu Hoàng hậu đột ngột qua đời, và đến đầu năm 508, con trai của bà là Nguyên Xương (元昌) cũng đột tử, Nguyên Xương cũng là con trai duy nhất của Tuyên Vũ Đế và thời điểm đó. Do Cao Triệu lúc đó đang rất hùng mạnh, và chất nữ của ông ta là Cao quý tần được Tuyên Vũ Đế sủng ái, nên đã có nghi ngờ rằng Cao Triệu và Cao quý tần đã ám hại Hoàng hậu và Hoàng tử, nhưng không có bằng chứng để kết luận. Năm 508, Tuyên Vũ Đế lập Cao quý tần làm tân Hoàng hậu, bất chấp phản đối của Nguyên Hiệp, và từ thời điểm đó trở đi thì Cao Triệu đã trở nên bực bội với Nguyên Hiệp.